＊無「聲明不專用」制度
＊無「商標並存同意」制度
＊有「善意先使用」制度
＊修法後已將「與他人失效未滿一年之商標相同或近似者，不得註冊」之規定刪去。
＊有「防護標章」制度：當一註冊商標於其所指定使用之商品／服務當中，已為相關消費者所熟悉或為著名商標，而為了防止他人於其他相同或類似的商品／服務以外的部分使用該商標，且這些商品／服務又可能與商標權人業務範圍內的商品／服務發生混淆時，該商標權人得於這些有可能造成混淆的商品／服務中進行與其註冊商標外觀相同的防護標章註冊，從而達到防禦目的。
＊有「地域團體商標制度」制度：必須採用「地域名稱」+「商品或服務名稱」之文字形式提出申請，不得有其他設計圖形，日本商標申請費用且地域名稱與商品或服務間須具有關連性。此外，該地產品或服務於市場上應具備一定知名度，方符合註冊要件。
外國的自然人或法人（如公司、協會）皆可申請註冊，並應以「一申請案一商標」之方式為之；申請人可指定該商標使用於二個以上類別之商品或服務（又稱「一案多類」），而商品或服務需依照商品與服務國際（尼斯）分類之分類。
與台灣智慧局一樣，日本特許廳會就商標申請案進行「形式審查」及「實體審查」，假如日本特許廳未有發現商標有拒絕註冊之理由，日本特許廳將允許該商標註冊（「商標登錄之查定」）。
如該商標有不得註冊的情形，日本特許廳會將發出「拒絕理由通知」，通知申請人於限期內陳述意見。若在審查後仍有該不得註冊之情形，日本特許廳將拒絕該商標註冊（「拒絕查定」）。
值得留意的是，日本商標制度目前不允許申請人「聲明不專用」，即不能就商標中說明說、不具識別性等本來不可單獨註冊的部分不主張權利。日本商標制度亦沒有「並存同意」制度，即使在先商標之商標權人同意該近似或相同的後申請商標取得註冊，日本特許廳亦不允許該後申請商標獲得註冊。
與台灣智慧局一樣，日本特許廳會就商標申請案進行「形式審查」及「實體審查」，假如日本特許廳未有發現商標有拒絕註冊之理由，日本特許廳將允許該商標註冊（「商標登錄之查定」）。日本商標申請費用
如該商標有不得註冊的情形，日本特許廳會將發出「拒絕理由通知」，通知申請人於限期內陳述意見。若在審查後仍有該不得註冊之情形，日本特許廳將拒絕該商標註冊（「拒絕查定」）。
值得留意的是，日本商標制度目前不允許申請人「聲明不專用」，即不能就商標中說明說、不具識別性等本來不可單獨註冊的部分不主張權利。日本商標制度亦沒有「並存同意」制度，即使在先商標之商標權人同意該近似或相同的後申請商標取得註冊，日本特許廳亦不允許該後申請商標獲得註冊。
商標權自註冊公告當日起算十年。商標權期間為十年，屆滿前6個月可以再申請延展十年，不限延展次數。如商標權人在屆滿後6個月內申請延展，需要繳納雙倍之延展費用。需注意的是，註冊商標僅得於日本國境內行使權利，如商標連續三年沒有在日本使用，將有機會被他人撤銷。